临床常见的并发症有以下几种：
蒂扭转较常见，为妇科急腹症之一。约10%的卵巢并发蒂扭转。多见于瘤蒂长，中等大小、活动度大、重心偏向一侧的囊性肿瘤，多发生在体位急骤变动时、妊娠早期或产后。卵巢肿瘤的蒂由骨盆漏斗韧带、卵巢固有韧带和输卵管组成。发生急性扭转后，静脉回流受阻，瘤内高度充血或血管破裂，致使瘤体急剧增大，瘤内出血，最后动脉血流受阻，肿瘤发生坏死变为紫黑色，易破裂和继发感染。
肿瘤破裂约3%的卵巢肿瘤会发生破裂，卵巢肿瘤蒂扭转，破裂有外伤性和自发性两种。外伤性破裂常因腹部重击、、、及穿刺等引起，自发性破裂常因肿瘤过速生长所致，多数为肿瘤浸润性生长穿破囊壁。其症状轻重取决于破裂口大小、流进腹腔囊液的性质和数目。小囊肿或单纯浆液性囊腺瘤破裂时，患者仅感轻度腹痛;大囊肿或成熟性畸胎瘤破裂后，常致剧烈腹痛、恶心呕吐，有时导致内出血、腹膜炎及休克。
妇科检查可发现腹部压痛、腹肌紧张或有腹水征，原有肿块摸不到或扪及缩小瘪塌的肿块。疑有肿瘤破裂应立即剖腹探查。术中应尽量吸净囊液，并涂片行细胞学检查，清洗腹腔及盆腔，切除标本送病理学检查，尤需留意破口边沿有无恶变。
感染较少见，多因肿瘤扭转或破裂后引起，也可来自邻近器官感染灶如阑尾脓肿扩散。临床表现为发热、腹痛、肿块及腹部压痛、腹肌紧张及白细胞升高等。治疗应先用抗生素，然后手术切除肿瘤。若短期内感染不能控制，宜即刻手术。
恶性变卵巢良性肿瘤恶变多发生于年龄较大尤其尽经后者，肿瘤在短期内迅速增大，患者感腹胀，食欲不振，检查肿瘤体积明显增大，固定，多有腹水。疑有恶性变者，应及时处理。